ISA에서 ETF로 손실을 보고 다른 상품에서 이자를 벌었다면 이익에 대해서만 세금을 내는지 궁금할 수 있습니다. 결론부터 말하면 같은 ISA 안에서 발생한 과세 대상 이익과 인정되는 손실은 합산한 뒤 순이익을 기준으로 세금을 계산합니다.
먼저 알아둘 두 가지
중개형 ISA에는 일반 은행 예·적금을 직접 담을 수 없습니다. 중개형에서는 ETF 손실과 RP 이자를 비교하고, ETF와 예금을 함께 담는 사례는 주로 신탁형 ISA로 이해해야 합니다.
또한 ETF라고 해서 모든 손실이 손익통산되는 것은 아닙니다. 국내주식형 ETF와 국내 상장 해외주식형·채권형 ETF는 세금 계산 방식이 다릅니다.
목차
30초 요약
- ISA는 계좌 안의 과세 대상 이익과 인정 손실을 합산합니다.
- 중개형 ISA에는 일반 예금 대신 RP 등을 담을 수 있습니다.
- 신탁형 ISA는 금융회사에 따라 예금과 ETF를 함께 운용할 수 있습니다.
- 과세 대상 ETF 손실은 이자수익과 통산할 수 있습니다.
- 국내주식형 ETF의 매매손실은 같은 방식으로 통산되지 않습니다.
- 일반형 200만원, 서민형·농어민형 400만원까지 비과세입니다.
ISA 손익통산이란?
손익통산은 하나의 ISA에서 발생한 이익과 손실을 합쳐 최종적으로 남은 순이익을 계산하는 것입니다.
예를 들어 과세 대상 ETF에서 300만원의 인정 손실이 발생하고 RP에서 이자 500만원을 얻었다면 단순 합계 순이익은 200만원입니다.
순이익 = 과세 대상 이익 - 손익통산이 인정되는 손실
계좌에 표시되는 전체 평가손익이 아니라 세법상 과세 대상 수익과 인정 손실을 기준으로 계산합니다.
일반계좌에서는 RP나 예금 이자에 보통 15.4%의 세금이 원천징수됩니다. 반면 ISA에서는 통산 후 순이익에 비과세 한도를 적용하고, 한도를 넘는 금액에는 9.9% 분리과세를 적용합니다.
중개형 ISA에서 예금도 가입할 수 있을까?
중개형 ISA에서는 일반 은행 예·적금을 직접 가입할 수 없습니다. 중개형은 국내주식, 채권, ETF·ETN, 펀드, ELS와 RP 등을 직접 선택해 운용하는 계좌입니다.
| ISA 유형 | ETF | 일반 예금 |
|---|---|---|
| 중개형 | 가능 | 직접 편입 불가 |
| 신탁형 | 가능 | 편입 가능 |
| 일임형 | 운용모델에 따라 다름 | 운용모델에 따라 다름 |
따라서 중개형 ISA의 계산 사례는 ETF 손실과 RP 이자로 보는 것이 정확합니다. 신탁형 ISA에서는 금융회사가 제공하는 상품 범위에 따라 예금과 ETF를 함께 담을 수 있습니다.
ETF 손실과 이자수익 계산 예시
중개형 ISA 일반형에서 국내 상장 해외주식형 ETF의 세법상 인정 손실이 300만원, RP 이자수익이 500만원 발생했다고 가정하겠습니다.
| 계산 항목 | 금액 |
|---|---|
| RP 이자수익 | +500만원 |
| ETF 인정 손실 | -300만원 |
| 통산 후 순이익 | 200만원 |
| 일반형 비과세 | 200만원 |
| 최종 세금 | 0원 |
순이익 200만원이 일반형 비과세 한도 안에 들어가므로 세금은 없습니다. 서민형과 농어민형은 400만원까지 비과세이므로 역시 세금이 발생하지 않습니다.
만약 ETF 인정 손실이 300만원이고 이자수익이 700만원이라면 순이익은 400만원입니다. 일반형은 200만원을 제외한 200만원에 9.9%를 적용해 19만8천원의 세금이 계산됩니다. 서민형·농어민형은 400만원 한도 안이므로 세금이 없습니다.
비과세 한도는 매년 새로 생기는 한도가 아닙니다
일반형 200만원과 서민형·농어민형 400만원은 해당 ISA의 가입기간 전체 순이익에 적용하는 한도입니다.
모든 ETF 손실이 통산될까?
ETF 손실이라고 모두 이자수익에서 빼주는 것은 아닙니다. 어떤 자산에 투자하는 ETF인지에 따라 과세 대상 손익이 달라집니다.
| ETF 구분 | 매매손실 통산 |
|---|---|
| 국내주식형 ETF | 일반적으로 제외 |
| 국내 상장 해외주식형 ETF | 과세손실 범위에서 가능 |
| 채권·원자재형 ETF | 과세손실 범위에서 가능 |
국내주식형 ETF의 매매차익은 일반계좌에서도 비과세이므로 매매손실 역시 다른 상품의 이익과 통산하지 않는 것이 원칙입니다. 국내 개별주식의 양도차손에는 별도 규정이 적용되므로 국내주식형 ETF와 동일하게 판단하면 안 됩니다.
기타 ETF는 실제 매매손익과 과표기준가격을 이용한 과세손익을 함께 반영합니다. 따라서 증권사 앱에 표시된 실제 손실 전액이 세금 계산에서 그대로 차감된다고 단정할 수 없습니다.
평가손실과 확정손실도 구분해야 합니다
아직 매도하지 않아 화면에만 표시되는 평가손실은 바로 손익통산되는 금액이 아닙니다. 상품을 매도하거나 계좌를 해지하면서 확정된 세법상 손익을 기준으로 계산합니다.
세금은 언제 계산할까?
ISA의 국내 세제혜택은 상품을 매도할 때마다 최종 정산하는 방식이 아닙니다. 가입기간 동안 발생한 과세 대상 손익을 모아두었다가 계약 해지일을 기준으로 통산하고 금융회사가 세금을 원천징수합니다.
세제혜택을 받으려면 원칙적으로 3년의 의무가입기간을 지켜야 합니다. 부득이한 사유 없이 3년 전에 중도해지하면 적용받은 세제혜택이 추징될 수 있습니다.
계좌 전체가 손실이라면 낼 세금은 없지만, 남은 손실을 일반계좌나 새로 만든 ISA로 넘겨 공제받을 수 있는 것은 아닙니다.
손익통산 전 확인할 사항
- 내 계좌가 중개형·신탁형·일임형 중 무엇인지
- ETF가 국내주식형인지 과세 대상 기타 ETF인지
- 현재 손실이 평가손실인지 매도 후 확정손실인지
- 증권사가 계산한 세법상 인정 손실은 얼마인지
- 일반형과 서민형·농어민형 중 어떤 유형인지
- 의무가입기간 3년을 채웠는지
- 해외 배당에 이미 원천징수된 세금이 있는지
자주 묻는 질문
중개형 ISA에서 정기예금을 가입할 수 있나요?
일반 은행 정기예금은 직접 편입할 수 없습니다. 중개형에서는 RP 등을 이용할 수 있으며 예금 편입을 원한다면 신탁형 ISA의 제공 상품을 확인해야 합니다.
ETF에서 500만원 손실이면 이자에서 모두 빼주나요?
반드시 그렇지는 않습니다. 과세 대상 ETF인지와 과표기준가격을 기준으로 인정되는 손실이 얼마인지 확인해야 합니다.
국내주식형 ETF 손실도 예금이자와 통산되나요?
일반적으로 통산되지 않습니다. 국내주식형 ETF의 매매차익이 비과세인 것과 같은 이유로 매매손실도 다른 과세수익에서 차감하지 않습니다.
손익통산 후 순이익이 0원이면 세금도 없나요?
국내 ISA 과세 기준상 순이익이 없다면 납부할 세금도 없습니다. 다만 해외에서 먼저 원천징수된 세금까지 손익통산으로 돌려받는다는 뜻은 아닙니다.
이 글은 2026년 9월 기준 조세특례제한법과 금융투자협회·금융회사 공개자료를 바탕으로 작성한 일반 정보입니다. 실제 손익통산 금액은 상품의 과표기준가격, 계좌 유형과 해지 사유 등에 따라 달라질 수 있으므로 만기 또는 해지 전 해당 금융회사에 예상 세액을 확인하시기 바랍니다.
공식 근거 자료